円通寺は、延暦10年（791）、坂上田村麻呂が開創したと伝えられています。また、源義家が奥州を鎮定したとき、討ちとった48の首を寺院内に埋めて塚を築いたので、このあたりを小塚亜原と呼ぶようになったと言われています。

江戸時代には、下谷の広徳寺・入谷の鬼子母神とともに「下谷の三寺」と呼ばれていました。

境内には、石造七重塔、彰義隊士の墓、永仁4年（1296）銘をはじめとする坂碑四基（荒川区指定文化財）などがあります。