元亀元年、後に第三代の住職となる南陽周公首座が開基となり、岩倉龍潭寺六世養室玄育大和尚を勧請し、松樹山長林庵を開創しました。その後文化10年（1813年）に現在の長林寺に改称されています。 本尊は東方薬師瑠璃光如来。