慈詮院は本門法華宗の大本山、妙蓮寺の塔頭寺院の一つです。妙蓮寺山門先の鐘楼の右手には惠光院、玉龍院、本光院、圓常院、堅樹院の5院が並びます。鐘楼に向かって左手奥には手前から慈詮院、本妙院、常住院の３院が一列に建っています。

妙蓮寺は本門法華宗の大本山で山号は卯木山（うぼくさん）。妙蓮寺は、日蓮大聖人より京都布教のご遺言を託された日像聖人が入洛し、初めて草履を脱いだ道場です。日像聖人により日蓮聖人の御教えは京都へ伝わり広まりました。