長国山妙照寺の開基は、高祖日蓮聖人の直弟子である中老僧の第三越後阿闍梨日辯上人です。
上人は熱原甚四郎の長男として生まれ法華経弘法の為、諸国に出る途中、 当地に来て正應元年（1288年）の頃より御堂と称する真言宗の寺を日蓮宗に改宗して光雲山妙照寺としました。
後世文禄年中に大本山中山法華経寺の末寺となり長国山妙照寺と改めました。
特に鬼子母尊神は、中山法華経寺御宝蔵に安置されておりましたが、当山四世住職日真上人の霊感により中山より当山に安置されました。