長沼山と号し、開創の年代は不詳。当初は天台宗で能満寺といったという。貞永元年（1232年）8月親鸞聖人が一夜の宿をとり布教したことにより、その学識に傾倒した当時の住持浄蓮は弟子となり、以来親鸞鎌倉入り草鞋ぬぎの寺として、天台宗を改め浄土真宗となったと伝えられている。
親鸞はここに７日間いて阿弥陀如来像を彫ったといい、現在当寺に安置されている本尊がそれであると伝えられる。
その後、永禄４年（1561年）小田原の北條氏康は一向宗（浄土真宗）を弾圧したため、能満寺は鎌倉円覚寺に救いを求め、円覚寺の末寺となると共に住持の海弁房も禅僧となり、正安寺と改称し、破壊をまぬがれたと伝えられている。その後、弾圧は解かれ、周辺の浄土真宗は帰宗したが、正安寺は臨済宗のまま今日に至っている。